ในปี ค.ศ. 1863 รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะได้รวบรวมกลุ่มโรนินหรือซามูไรไร้นายขึ้นเป็นองค์กรขนาดใหญ่ เพื่อเป็นหน่วยคุ้มกันโชกุนโทกูงาวะ อิเอโมจิ ในช่วงที่พำนักในนครหลวงเกียวโต[18] คอนโดได้เข้าร่วมในองค์กรนี้ภายใต้ชื่อกลุ่ม "โรชิงูมิ" พร้อมกับฮิจิกาตะ โทชิโซ ผู้เป็นเพื่อนสนิท และเหล่าสมาชิกของสำนักดาบชิเอคังอีกหลายคน คือ ยามานามิ เคซูเกะ, โอกิตะ โซจิ, ฮาราดะ ซาโนซูเกะ, นางากูระ ชิมปาจิ, โทโด เฮซูเกะ, และอิโนอูเอะ เก็มซาบูโร ภายหลังเมื่อคิโยกาวะ ฮาจิโร ผู้นำกลุ่มโรชิงูมิโดยพฤตินัย ได้เปิดเผยเป้าประสงค์ที่แท้จริงว่าต้องการรวบรวมผู้คนเป็นกำลังสนับสนุนพระจักรพรรดิ คนโด, ฮิจิกาตะ, เซริซาวะ คาโม (อดีตผู้ติดตามของเจ้าแคว้นมิโตะ), และผู้คนอีกจำนวนไม่มาก จึงอยู่ที่เกียวโตและตั้งกลุ่มของตนเองแทนในชื่อกลุ่ม "มิบูโรชิงูมิ"[19] ซึ่งรับคำสั่งโดยตรงในการปฏิบัติงานจากรัฐบาลโชกุน[20] โดยมีมัตซึไดระ คาตาโมริ ไดเมียวแห่งแคว้นไอสึ เป็นผู้ควบคุมดูแลบุคคลเหล่านี้ กลุ่มมิบูโรชิงูมิได้รับหน้าที่ให้เป็นตำรวจพิเศษรักษาพระนครเกียวโต[21]

ในเหตุการณ์ "คินมง โนะ เซเฮ็ง" หรือการรัฐประหารในวันที่ 18 สิงหาคมของปีนั้น กลุ่มของคนโดได้รับการเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "ชินเซ็งงูมิ"[22] และเป็นที่รู้จักทั่วไปจากการเข้าทำการจับกุมกลุ่มผู้ขับไล่ชาวต่างชาติกลุ่มหนึ่งในเดือน 6 ตามปฏิทินจันทรคติ ค.ศ. 1864 ซึ่งคดีดังกล่าวถูกเรียกขานในชื่อ "คดีร้านอิเกดะ" (อิเกยาดาจิเค็ง) [23]

วันที่ 10 เดือน 7 ทางจันทรคติ ค.ศ. 1867[24] คนโดพร้อมด้วยสมาชิกกลุ่มชินเซ็งงูมิทั้งหมด ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นฮาตาโมโตะ หรือซามูไรที่ขึ้นตรงต่อโชกุน[25]